Историјата на бостонскиот маратон започнува веднаш по почетокот на модерната олимпијада, поточно на првата летна Олимпијада во 1896 година во Атина. Откако маратонското трчање на тој настан го зазема централното внимание, наредната 1897 година Бостонската Атлетска Асоцијација решава да започне ист настан и во Бостон, Масачусец. 

Првиот бостонски маратон се одржува на 19 април 1897 година и од вкупно 15 учесници првото место го освојува Џон МекДермонт со време од 2:55:10. Тогашните организатори го одбираат празникот – денот на Патриотите како датум за кој е поврзана трката и до 1969 година празникот и маратонот варираат во различните денови од неделата. Од таа година, празникот се става фиксен за секој трет понеделник во месец април, а со тоа и бостонскиот маратон. Денот кај локалците е познат како „Маратонски Понеделник”. 

Во историјата на спортските натпревари и маратони, бостонскиот маратон претставува најстариот континуирано организиран маратон во светот и втората најстара атлетска трка во Северна Америка по 8-километарската трка „Бафало Трки Трот” која започнува да се организира 5 месеци претходно. 

Во своите 122 години истиот се има одржувано и за време на Светските Војни, а до 1980-тите години настанот немал никакви награди за победниците освен симболичен венец од маслиново гранче. 

Во 1975 година Бостон Маратон станува првиот маратон во светски рамки кој дозволува учество на лица во количка. Во преписка, директорот на трката Вил Клуни му одговорил на Боб Хал, кој претходно побарал дозвола за минување на маратонот во количка, дека тој не може да добие официјално стартно бројче, но доколку Боб ја заврши трката под 3 часа и 30 минути тој ќе добие официјално време на маратонот. Боб завршува за под 3 часа со време до 2:58:00 со што го пробива маратонскиот пат за лицата во количка. 

На маратонот исто така има многу други категории кои се наменети за лица со специјални потреби, се со цел да се мотивираат и охрабрат овие честопати социјално маргинализирани групи. 

Во 70-тите години на негово тло се играат едни од најголемите и најпознати „битки” за половата рамноправност во спортот која ја играат Роберта Боби Гибс и Катрин Свитцер – повеќе читајте тука. 

Денес бостонскиот маратон е еден од најголемите и најпознатите на светот и дел од големата „Маратонска Шестка” заедно со Берлин, Лондон, Токио, Њујорк и Чикаго. Секоја година истиот го следат околу 500.000 луѓе а учество земаат во просек по 30.000. Најмногу учесници и финишери, во светски рамки, не само на маратонот, имало на 100-годишнината во 1996 година кога учество земале 38,708 од кои 35,868 финишери. 

Овој понеделник, на 16.04.2018 година, двајца Македонци успеаја да го финишираат овој маратон и со тоа да станат првите наши маратонци кои ги комплетираат сите шест медали од големата маратонска серија.